Avec la mise à l'écart du Kaiser, l'irlandais, jusque là peu pris au sérieux en dépit d'un bon coup de volant, est devenu malgré lui le fer de lance de la Scuderia. Il profita des errements de McLaren et Hakkinen, du dévouement de son équipier Mika Salo et de sa régularité pour jouer le titre jusqu'au bout ! En Malaisie, sur le nouveau circuit de Kuala Lumpur, Irvine bénéficie du retour tonitruant de Schumacher. Remis de ses fractures aux jambes, l'Allemand envoya un signal très clair sur son état de forme en signant une pole magistrale, avec presque 1 seconde mieux que son équipier et 1"2 sur Hakkinen. En course, Schumacher joua à contre emploi l'équipier modèle pour offrir sur un plateau la victoire à Irvine, alors que Hakkinen devait se contenter de la 3e place.

Disqualifiées dans un premier temps pour un fond plat déclaré non conforme - ce qui offrait alors le titre à Hakkinen - les Ferrari avaient finalement été réintégrées après un conseil mondial de la FIA ayant justifié ce revirement par une "tolérance" règlementaire qui suscita une vive polémique. Les plaisanteries rebaptisant la FIA en "Ferrari Internal Affairs" fusaient dans le paddock. A l'issue d'une saison dont le grand duel avait été avorté, la ficelle pour maintenir le suspense jusqu'au Japon semblait bien trop grosse.

Au Japon, Schumacher réalise une nouvelle pole position avec 0"350 de mieux qu'Hakkinen, tandis que Irvine n'est que 5e. Si l'Allemand gagne et que le finlandais est second, la 4e place peut suffire à l'irlandais. Mais dès le départ, la messe est dite : Schumacher patine(exagérément ?) et part en travers pour essayer d'entraver la McLaren mais Hakkinen réalise un envol parfait et prend les commandes. A l'exception de quelques tours concédés à la faveur des arrêts aux stands, Mika sera irrattrapable. Il s'impose avec 5 secondes d'avance sur Schumacher et presque 1 tour d'avance sur Irvine, qui doit se résoudre à accepter une défaite somme toute logique.

Tandis que Mika Hakkinen célèbre son 2e titre mondial des pilotes consécutif, Ferrari peut se réjouir avec le titre constructeur tant attendu. Un sacre qui n'avait plus été décroché par Maranello depuis 1983 et qui inaugura une fantastique série de 6 titres consécutifs...ce que Mercedes vient d'égaler en 2019. Pour Schumacher, cette 3e déception finale, après Jerez 97 et Suzuka 98, prendra fin dès l'année 2000, le Kaiser entamant alors un quinquennat dominateur. Un questionnement tarauda malgré tout une partie des observateurs de ce grand prix du Japon 1999: Schumi n'aurait-il pas facilité, inconsciemment ou pas, le succès de Hakkinen avec ce patinage démesurément exagéré au départ ? Au sein d'une Scuderia bâtie pour lui et autour de lui, aurait-il admis que Eddie Irvine soit le premier à récolter les fruits de la renaissance de Ferrari ? On ne le saura sans doute jamais...